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相似文献
 共查询到19条相似文献,搜索用时 140 毫秒
1.
以来源于泰国的菌株TG06003作对照,对采自海南地区的27株溶藻孤菌(Vibrio alginolyticus)环境菌株进行了随机扩增多态性DNA标记(RAPD)分析,其中6株为毒力菌株,另外22株为非毒力菌株。实验共得到70个多态性条带,多态性比率(PP13)为98.6%。基因多样度的算术平均数和加权平均数分别为0...  相似文献   

2.
在相同的分离培养条件下,为比较地域差别较大的福建海域海绵动物(山海绵Mycale sp.和网架海绵Stylissa sp.)和海南海域海鞘动物(皱瘤海鞘Styela plicata和乳突皮海鞘Molgula manhattensis)之间可培养放线菌多样性的差异,作者采用5种放线菌分离培养基和1种细菌通用培养基,对海绵和海鞘中的放线菌进行分离培养。采用16S rRNA 基因限制性片段长度多态性(Restriction Fragment Length Polymorphism, RFLP)分析和序列分析,揭示其多样性。共获得可培养放线菌198株,其中从海绵中分离到87株放线菌,从海鞘中分离到111株放线菌。RFLP分析表现为38种不同的图谱类型。16S rRNA基因序列分析表明,从海绵中分离到的放线菌包括6个放线菌属,其中有2株菌的16S rRNA基因序列与最相近的菌株相似性低于97%,可能是潜在的新菌株;从海鞘中分离到的放线菌包括7个放线菌属,有8株可能是潜在的新菌株。比较海绵和海鞘中可培养放线菌的多样性发现,从海绵中分离到的放线菌,除节细菌(Arthrobacter)以外,均包括在海鞘分离的放线菌属中。海鞘相关放线菌多样性水平不容忽视,是除海绵之外另一获得新型放线菌资源以及药用天然活性产物的重要来源。  相似文献   

3.
东太平洋海洋微生物种群多样性初步研究   总被引:3,自引:0,他引:3  
以东太平洋海洋微生物群落为研究对象,用稀释平板分离法,从海水中分离得到67株细菌。在形态观察的基础上选取48株进行培养,然后进行16S rDNA基因扩增,并用限制性内切酶RsaI和MspI对PCR产物进行ARDRA(Amplified rDNA restriction analysis)多态性分析,共得到10种不同的操作分类单元(Operational Taxonomic Unit,OTU)。其中OTU4和OTU10所包含的菌株分别占总分离物的35.4%和18.8%,为优势分离菌。优势分离菌的ERIC-PCR基因组指纹图分析表明,前者的17株分离物共有10种不同的指纹图类型,而后者的9株分离物有3种。结果显示,东太平洋海域的海水和底质沉积物具有明显的微生物种群多样性特征。  相似文献   

4.
山口红树林根际土壤可培养细菌多样性及其活性筛选   总被引:2,自引:1,他引:1  
为探讨广西山口红树林土壤可培养细菌的多样性,采用纯培养分离技术对采集的25个红树林样品进行可培养细菌多样性分析,挑选117株菌株进行16S rRNA基因测序并构建系统发育树分析。结果表明117株菌株分别属于9个纲20个目27个科35个属,9个纲包括α-变形菌纲(21.37%)、β-变形菌纲(1.71%)、γ-变形菌纲(12.82%)、δ-变形菌纲(0.85%)、噬纤维菌纲(0.85%)、鞘脂杆菌纲(0.85%)、黄杆菌纲(2.56%)、放线菌纲(27.35%)、芽孢杆菌纲(31.62%)。优势属为芽孢杆菌属,占所有菌株的28.20%,此外α-变形菌纲、γ-变形菌纲、黄杆菌纲和放线菌纲中发现了7株潜在的新物种。分离菌株的产酶活性检测表明,山口红树林根际土壤蕴含丰富的产淀粉酶、蛋白酶、葡聚糖、纤维素酶和几丁质酶等生物活性酶的菌株,其中芽孢杆菌纲的产酶菌株数最为丰富。初步研究结果表明广西山口红树林土壤可培养细菌资源丰富,新物种资源多样,是农业微生物开发应用的重要资源库。  相似文献   

5.
海洋源生防细菌LHB02的筛选、鉴定及其抑菌谱检测   总被引:1,自引:1,他引:0  
从高度污染的海滩污泥中,分离得到一株对部分水产病原菌有很强拮抗作用的生防细菌LHB02。采用细菌的通用引物进行LHB02的16SrRNA基因片段扩增,得到l511bp的DNA片段,其序列与枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)在进化位置上最为接近,结合传统的形态学、生理生化鉴定手段,鉴定该菌株为枯草芽孢杆菌...  相似文献   

6.
用ATB微生物自动鉴定系统对分离自湖南湘潭地区人工养殖的患“红头病”的黄颡鱼体内的2株细菌(即HN004和HN005)进行了鉴定,发现它们的生理生化特征完全相同,均为革兰氏阴性短杆菌、接触酶阳性、吲哚阳性、H2S阳性;氧化酶阴性、V.P测定为阴性,与迟钝爱德华氏菌的表型特征非常相似。为进一步确定2株菌的分类学地位,测定了其16S rRNA基因序列,分析了相关细菌相应序列的同源性,构建分子系统发育树。结果表明,2菌株的序列完全一致,与迟钝爱德华氏菌的亲缘关系最近,相似性为99.0%。综合上述结果,2菌株可鉴定为迟钝爱德华氏菌(Edwardsiella tarda)。  相似文献   

7.
研究并建立采自胶州湾的11株大小存在差异的新月细柱藻单克隆培养体系。对其核编码的SSU rDNA基因和叶绿体编码的rbcL基因进行了克隆和测序。序列分析表明,11株C.closterium的SSU rDNA基因和rbcL基因存在很大的序列变异。依据rhcL基因核苷酸序列推导的氨基酸残基变异则明显小于核苷酸变异。分别通过两基因核苷酸序列构建的邻接(Neighbor joining,NJ)系统发育树将11株C.closterium分成相同的6个分支(clade)。通过SSU rDNA基因构建的NJ树将所有的细柱藻聚为一支。SSU rDNA基因NJ树将细柱藻分为2个明显的支系(lineage):支系Ⅰ由12株C.closterium组成,包括本实验分离到的全部11株C.closterium,该支系中部分节点没有得到较高的支持率(〈50%);支系Ⅱ包括2株C.closterium和1株C.fusiformis。在rbcL基因NJ树中细柱藻也形成2个支系,11株C.closterium组成1个支系,系统树中每个节点均得到很高的支持率(〉70%)。统计分析表明,支系Ⅰ中株系间的平均遗传距离高于其它微藻种的种内变异程度,差异极显著(P〈0.01)。上述分析结果证实C.closterium实际上是1个种复合体(species complex),可以被细分为若干个种。  相似文献   

8.
南海有毒塔玛亚历山大藻的分子地理标记分析   总被引:10,自引:0,他引:10  
采用聚合酶链扩增反应(PCR)和限制性片段长度多态性分析(RFLP)方法,对1992年5月和1994年12月采自中国南海大鹏湾,大亚湾,香港海域的赤潮有毒甲藻塔玛亚历山大藻8个不同地理株的核糖体小亚基RNA基因(Ss-rDNA)进行分析,并与北美,西欧等地的比较。结果表明,中国南海的塔玛业历山大藻缺少B基因,这与北美等地的塔玛亚历山大藻(包括有毒和无毒株)不同,而与西欧,澳洲等地的有毒和无毒株相似  相似文献   

9.
南海蓖麻海绵化学成分的研究   总被引:1,自引:0,他引:1  
曾志 《热带海洋》2000,19(3):67-71
对采自我国南海海域的蓖麻海绵Biemna sp.的化学成分进行了研究,从中分离出4个结晶化合物,经FT-IR,MS,^-HNMR,^13CNMR,DEPT等波谱方法鉴定分别为正二十八酸(I),正十六酸(II),穿贝海绵甾醇(III)和biemnamide(IV),报道了(I),(II),(III)的化学结构和(IV)的生理活性。  相似文献   

10.
采用TCBS选择性培养基从厦门某鲍鱼养殖场的养殖水体中分离到19株细菌.经16S rDNA序列分析,所有菌株均属于弧菌属(Vibrio),且与最近似的弧菌模式种的同源性都在98.99%以上.由于弧菌种间16S rDNA序列相似度极高,无法仅靠16S rDNA序列比对来鉴定这些菌株到种的水平.16S rDNA序列的系统发育分析也显示,大多数菌株与弧菌模式种无法归为一簇,表明16S rDNA基因在弧菌种的分类鉴定上分辨率不高.进一步采用基于4种看家基因(rpo A、pyr H、gap A和top A)的多位点序列分析技术(MLSA)对分离到的弧菌菌株进行分类鉴定,结果显示19株海洋弧菌归于溶藻弧菌(Vibrio alginalyticus)与魔鬼弧菌(Vibrio diabolicus)2个种,表明这两种弧菌是该鲍鱼养殖场水体环境中的优势弧菌种,在鲍鱼养殖弧菌病害防治方面需要重点关注.此外,看家基因与16S rDNA基因的多态性分析表明,4种看家基因的多态位点比率均高于16S rDNA.4种看家基因串联后的多态位点比率高达41.1%,远高于16S r DNA基因的13.4%,表明看家基因相较于16S rDNA基因有着更高的分辨率,更适合于海洋弧菌的分类鉴定.  相似文献   

11.
It is well known that marine sponges harbor large numbers of bacteria, some of which have been proved to be sponge-specific. The diversity of bacteria in marine sponges distributed along the coast of South China Sea has been previously studied but that of bacteria in sponges inhabiting the open sea has been rarely investigated. In this report, the diversity of bacteria associated with the marine sponge Agelas robusta from a remote coral reef in the South China Sea was documented employing 16S rDNA library construction, amplified ribosomal DNA restriction analysis (ARDRA) and phylogenetic analysis. A total of 32 phylotypes were finally categorized in nine phyla including Cyanobacteria, Proteobacteria, Chloroflexi, Firmicutes, Actinobacteria, Acidobacteria, Planctomycetes, Bacteroidetes and Gemmatimonadetes. The dominant phylum was Proteobacteria whereas the dominant genus was Synechococcus in Cyanobacteria. Some spongespecific bacteria were also found in the bacteria population, but the proportion (5 OTUs/32 OTUs) was much lower than other sponges. This study reveals the phylogenetic diversity of bacteria in A. robusta and confirms the presence of some sponge-specific bacteria in the South China Sea. Understanding the diversity of sponge-associated bacteria in China assists to exploit the bacteria resources for biotechnology.  相似文献   

12.
北部湾海域球形棕囊藻遗传多样性分析   总被引:6,自引:3,他引:3  
南海北部湾海域近年来连年暴发球形棕囊藻赤潮,严重威胁近海生态安全,亟待探明赤潮成因。球形棕囊藻是一种广泛分布于温带至热带海域的有害藻华微藻,具有明显的种下遗传分化。为了解北部湾海域球形棕囊藻的遗传多样性及其对赤潮藻种来源的指示意义,本研究针对分离于北部湾海域赤潮发生期间的4株棕囊藻,以核糖体28S大亚基rRNA基因(28S rDNA)D1-D2区和转录间隔区(ITS区)为靶区构建克隆文库,通过测序分析了北部湾海域球形棕囊藻的遗传多样性。结果表明,从北部湾分离的4株棕囊藻均为球形棕囊藻,但不同年份分离的球形棕囊藻藻株之间存在明显的遗传差异。部分球形棕囊藻藻株(PG2015和PG2017)的不同克隆间也存在遗传差异,这种遗传差异在由单一藻细胞建立的克隆培养系中仍存在,表明遗传差异是来自细胞内多拷贝的基因序列,可能源自不同地理种群球形棕囊藻之间的基因交流。与ITS区相比,28S rDNA D1-D2区能更好地反映球形棕囊藻遗传多样性状况,具有作为分子标记指示球形棕囊藻地理种群的潜力,但仍需深入研究。研究结果深化了对北部湾球形棕囊藻遗传多样性的认识,有望为进一步解析北部湾海域球形棕囊藻赤潮原因种来源提供判据。  相似文献   

13.
利用 ISSR 分子标记技术对采自浙江省南麂岛和渔山列岛的4株不同形状野生坛紫菜(Porphyra haitanensis)进行了遗传多样性分析.从33条引物中筛选出11条可扩增出清晰条带的引物,在4株坛紫菜中共扩增出62条 DNA 带,其中多态性条带比例达88.71%.遗传距离分析表明4株坛紫菜之间的遗传距离范围是0.3226~0.6129,聚类分析结果表明渔山列岛坛紫菜遗传距离最近,而南麂岛的两株坛紫菜则距离相对较远.该研究说明浙江附近岛屿的野生坛紫菜遗传多样性丰富  相似文献   

14.
为研究鲐鱼(Pneumatophorus japonicus)在不同冻藏时期的优势微生物,并且得到一个较全面的细菌群落组成结构,采用16SrDNA基因克隆文库及克隆子分析等方法,分别对冻藏1d、8d和20d条件下鲐鱼鳃体系中的细菌种群多样性、优势微生物及其中产组胺菌的变化进行分析。结果表明,不同时期鲐鱼鳃内的细菌多样性均较强;冻藏1天的鳃体系中不动杆菌属(Acinetobacter)占优势为总数的77.5%,产组胺细菌如泛菌属(Pantoea)和肠杆菌属(Enterobacter)较少;第8天优势细菌种群是梭杆菌属(Fusobacteria bacterium)和希瓦氏菌属(Shewanella),而产组胺菌如发光杆菌属(Photobacterium)和弧菌属(Vibrio)较前期数量有所增加;冻藏到第20天的优势种群为哈夫尼菌属(Hafnia)和沙雷菌属(Serratia),它们均是产组胺的菌群。鲐鱼中细菌多样性及其优势微生物的变化等全面信息可为了解鲐鱼水产品组胺发生的微生物机制及其控制方法提供重要依据。  相似文献   

15.
红树林土壤中蕴藏着丰富的放线菌资源,是新菌种的重要来源。为获得更多新的放线菌资源以用于开发新的生物活性化合物,了解放线菌的多样性是非常重要和必要的。研究采用扩增子高通量测序和传统培养法对八门湾红树林土壤放线菌进行了非培养和培养水平多样性研究,同时对其抗病原菌活性进行了分析。对于非培养水平多样性研究,与细菌通用引物相比,利用放线菌相关引物可以提高放线菌丰度的检测水平,其百分比含量提高2.47倍;可以检测到放线菌门更多的目、科和属;对于在目水平上的放线菌类群组成来说,Acidimicrobiales、Corynebacteriales、Gaiellales、Kineosporiales、Solirubrobacterales是优势类群,但是在用两对不同引物得到的结果中,其百分含量差异较大。放线菌相关引物更适合环境样品中放线菌多样性的分析。对于培养水平多样性研究,分离到256株放线菌,属于7个目、9个科、14个属, Shannon-Wiener多样性指数为1.32, Streptomyces(42.58%)和Micromonospora(42.19%)是优势属;与模式菌株的相似性小于98.5...  相似文献   

16.
选取12个微卫星标记对洞庭青鲫(Carassius auratus var.Dongtingking)、野生二倍体和三倍体鲫(C.auratus)、彭泽鲫(C.auratus var.pengzesis)4个鲫品系群体进行遗传多样性检测。在12个基因座位中,共检测出78个等位基因,其中14个为共有等位基因;每个座位检测到等位基因4—12个,平均等位基因数6.58个;4个鲫品系群体的平均观测杂合度(Ho)分别为0.633、0.750、0.800、0.717;平均期望杂合度(He)分别为0.502、0.713、0.757、0.602;平均多态信息含量(PIC)分别为0.364、0.599、0.637、0.470。上述结果表明,野生二倍体和三倍体鲫的遗传多样性较为丰富,以三倍体鲫的遗传多样性为最高;而洞庭青鲫和彭泽鲫养殖群体存在杂合度降低,遗传多样性下降的现象,以洞庭青鲫的遗传多样性为最低。基于遗传距离构建的UPGMA聚类树表明,洞庭青鲫与彭泽鲫两个养殖群体聚为一支,而二倍体与三倍体野鲫群体聚为另一支,说明洞庭青鲫与彭泽鲫之间亲缘关系较近,野生二倍体与三倍体鲫之间的亲缘关系较近。研究不同倍性鲫品系的遗传多样性,对于探讨鲫的多倍体起源演化以及鲫品系的种质资源保护和选育种实践具有重要意义。  相似文献   

17.
Eastern Pacific reefs are mostly made up of interlocking coral branches of Pocillopora, which are easily broken by physical forces associated with heavy swells and winds. In this study we investigated the potential of these coral fragments to enable propagation of boring sponges. For this, we quantified the frequency of occurrence and diversity of boring sponges in fragments of corals recently trapped among the branches of live colonies, and later tested the hypothesis that these sponges colonize new branches of corals. Nearly 80% of the coral colonies investigated had coral fragments among their branches, and 69% of these coral fragments contained boring sponges (11 species), some of these sponges in reproduction (23% of them carried oocytes). To test whether sponges inhabiting coral fragments could colonize new branching corals we transplanted them to healthy branches, and to branches whose living tissue was mechanically eliminated to simulate damage produced by grazing and death after bleaching and other causes of coral tissue mortality. All the transplanted coral fragments cemented to each new colony by means of calcification, and of the three sponge species tested (Cliona vermifera, Cliona tropicalis and Thoosa mismalolli) only C. vermifera was able to colonize both new living branches (26.9%) and cleaned branches (65.5%). The apparent capability of C. vermifera to colonize by direct contact may be another key ability of this species to maintain high frequency of occurrence in Pacific coral reefs. However, although C. tropicalis and T. mismalolli were not able to colonize new coral substrata by direct contact, coral fragments have the potential to contribute to local persistence of these sponges and to their dispersal, both by asexual (fragments) and sexual means (transport of sexual products). The present findings may partly explain the current increase of excavating sponges on deteriorating reefs with a large availability of dead branching corals.  相似文献   

18.
In order to preserve diversity it is essential to understand how assemblages change across space. Despite this fact, we still know very little about how marine diversity is spatially distributed, especially among lesser‐studied invertebrate taxa. In the present study beta‐diversity patterns of sea urchins, sponges, mushroom corals and larger foraminifera were assessed in the Spermonde Archipelago (Indonesia). Using ordinations we showed that the inshore zone (<5 km offshore), midshore zone (5 < x < 30 km offshore) and distance offshore zone (>30 km offshore) all contained distinct assemblages of sponges and corals, while only foraminifera assemblages from the inshore (<5 km offshore) zone were distinct. There was a significant spatial pattern of community similarity for all taxa surveyed, but this pattern proved to be wholly related to environmental variables for sponges and foraminifera, and primarily for mushroom corals and sea urchins. The lack of a pure spatial component suggests that these taxa may not be dispersal limited within the spatial scales of this study (c. 1600 km2). The analyses of the corals and foraminifera were additionally tested at two spatial scales of sampling. Both taxa were primarily associated with local‐scale environmental variables at the local scale and larger‐scale variables at the larger scale. Mean inter‐plot similarity was also higher and variation lower at the larger scale. The results suggest that substantial variation in similarity can be predicted using simple locally assessed environmental variables combined with remotely sensed parameters.  相似文献   

19.
张丽珉  赵琳  丛柏林 《海洋学报》2018,40(8):152-164
为了利用南极微生物资源、探索南极罗斯海区域可培养微生物多样性,利用传统平板培养法对中国第33次南极科学考察采自南极罗斯海6个站位的海洋沉积物样品进行了细菌、真菌的分离培养。经细菌16S rRNA、真菌ITS基因序列检测及系统发育分析,共获得5个属的36株细菌和6个属的29株真菌。其中嗜冷杆菌属为优势细菌类群,枝孢属为优势真菌类群。该结果表明南极罗斯海区域具有丰富的微生物多样性。细菌API 20 NE生理生化及真菌产胞外酶活性实验显示,分离得到的细菌和真菌绝大多数都有低温酶活性。研究结果为南极罗斯海区域可培养微生物的多样性认识和低温酶产生菌资源获取与开发利用提供了支撑。  相似文献   

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